Законом Курской области от 15 августа 1996 года № 6-ЗКО на территории Субботинского сельсовета образовано муниципальное образование Субботинский сельсовет.
Законом Курской области от 21 октября 2004 года № 48-ЗКО (в ходе муниципальной реформы 2006 года) муниципальное образование Субботинский сельсовет наделено статусом сельского поселения.
Законом Курской области от 26 апреля 2010 года № 26-ЗКО муниципальное образование Субботинский сельсовет и муниципальное образование Орлянский сельсовет были преобразованы путём объединения в муниципальное образование Субботинский сельсовет